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Lysis Buffer與DTAB/CTAB溶液有什麼不同？

DTAB/CTAB都是帶陽離子(正電)的強性介面活性劑。在以DTAB/CTAB萃取DNA的程序中，含有以有機溶劑萃取蛋白質的步驟，因此在DNA回收率和萃取DNA的品質上都會比用Lysis Buffer的方式為佳。DTAB/CTAB的方法適用於蛋白質多，特別是PCR抑制物多及雜質多的樣品，如：肝胰腺、眼球和池土。

Lysis Buffer是一種經過簡化的操作方法，適用於例行、大量樣品的操作，因為它的步驟相當簡單，但同時也因此限制了此方法去除雜質的能力。這個方法只能用在萃取腹足(泳足)、肌肉或PL15以下(包括nauplii和mysis)的樣品。萃取出的DNA品質比用DTAB/CTAB的方式差，但是已經足以進行PCR檢驗。

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是否我應該為了回收更多的DNA，而用較多的力氣來磨碎蝦的組織？

在回答這個問題之前，必須要先知道樣品的保存方法是屬於哪一類。從冷凍保存的樣品中，可以很容易的回收較多的DNA，而從酒精保存的樣品中，就相對比較困難。如果使用冷凍或新鮮的樣品，在萃取過程中磨碎蝦的組織時請不要磨的太用力，否則將會回收到太多的DNA與太多的蛋白質，特別是在使用Lysis Buffer的方法時。我們可由回收的DNA沉澱的狀態得知是否有這個問題，如果是得到一個大且呈橘色的DNA沉澱物，且不易被水或是TE buffer溶解時，表示在萃取過程中磨碎蝦的組織時磨的太用力，正確的方式是只要將肌肉組織從蝦殼中擠出即可。

但是如果使用的是已被酒精固定的樣品，就必須磨的比較用力以獲得足夠的DNA，當酒精固定蝦的組織樣品時，蛋白質會被變性，使組織變得較硬，DNA將會較難被釋放出來。與冷凍或新鮮的樣品相較之下，其DNA沉澱物較小，所以必須磨的比較用力並以比較少的dd H₂O或TE buffer來溶解DNA沉澱。

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哪一類的器官含有PCR抑制物？

已知眼球中含有PCR抑制物，當萃取種蝦的眼柄樣品時最好能夠移除眼球，或者使用DTAB/CTAB的方式來萃取眼球與眼柄。因為DTAB/CTAB的方法可以有效的去除PCR抑制物。但在萃取PL樣品時，不必在意這些微小動物的眼球。

肝胰腺也含有PCR抑制物，此外它也是消化器官，含有許多DNase，樣品含有肝胰腺時，最好使用DTAB/CTAB的方式來萃取。

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DNA濃度是否會影響PCR結果？對PCR反應而言，適當的DNA濃度為何？

太多的DNA會降低擴增反應的效率，抑制PCR反應，有時並會導致電泳結果模糊的問題。我們建議將DNA濃度調整為每一反應在200~1000 ng左右。

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