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如何避免偽陰性和偽陽性的PCR檢驗結果？

偽陰性的PCR檢驗結果多半肇因於DNA品質不良或PCR反應失敗，內部控制組(internal control)是預防這個問題最好的策略。就IQ2000^TM系統而言，內控制組（又稱為宿主基因house-keeping gene）是構成試劑的成分之一，使用者可以很容易的利用內部控制組來監控DNA品質和PCR程序。

偽陽性的PCR檢驗結果多半肇因於產物的污染，或在萃取DNA與加入反應試劑時的交互污染。要避免PCR產物污染後續實驗，最好是將執行電泳的空間與萃取樣品、配製試劑的空間區隔開來，並安排在相隔較遠的地方。而訓練好操作人員，使他們能夠正確的操作實驗，是避免交互污染問題的最佳方式。

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如何得知靈敏度是否適宜？我能夠調整靈敏度嗎？

藉由試劑內所附的定量陽性標準品即可監控系統的靈敏度，就IQ2000^TM系統而言，可將陽性標準品以yeast tRNA稀釋至10 copy/ul，並以此稀釋的標準品做為監控靈敏度的依據。假如10-copy標準品的實驗結果是形成3個亮帶(910、550和296 bp)，表示靈敏度太高，這時第一次擴增反應需要減少2至3圈；反而言之，假如10-copy標準品沒有形成任何亮帶，第一次擴增反應就需要增加2至3圈，以提高靈敏度。

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陰性檢體一定要形成宿主基因（house-keeping gene）的亮帶嗎？

情況視所檢測檢體的種類而定，因為宿主基因是根據對蝦基因組而設計的，只有對蝦類的檢體才能形成正確大小的PCR產物。陰性對蝦類的檢體是一定要形成宿主基因的亮帶，來確認DNA品質，以避免誤判成偽陰性結果。至於其他甲殼類動物也可能會形成宿主基因的亮帶，但部分甲殼類動物的PCR產物大小會與對蝦有些許差異。如果是池土、池水或餌料等樣品，將不會形成宿主基因的亮帶。

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